使Repliod凶暴化的Σ病毒的发生成为起端,经过浩大漫长的"Irregular战争".那个被认作永无休止的战斗,最终在一位英雄"X"的努力下宣告结束,世界也开始走上了复兴的道路.
  人类以幸福生活的理想乡作为目标."Neo Arcadia".作为再生的据点被筑成的城市.人们总算在那里取回笑容…但是,那里对Repliod来说是像地狱般的世界.政府因为害怕Repliod的Irregular化,就以莫明的理由逐各将Repliod们逮捕并加以处分.侥幸逃脱处分的Repliod们隐藏在残破的废旧都市,利用那里残留的稀少的能源生活着.
  在Neo Arcadia中,也有对政府方针抱有疑问的人有少数存在.科学家的少女 "Ciel"也是其中一人.从事Repliod开发的她,没有丢弃被政府加以异形生命体的污名而处分的他们.就是那样微弱活着的他们,最终还是没有逃出政府魔手的逼迫.眼看大家快要被消灭. 绝望中,Ciel想起在有个地方如今仍然沉睡着传说的Repliod "Zero"的名字.
  是Zero…以前与"X"一起作为Irregular猎人作战的传说的Repliod.
  "如果传说是真的…或许"
  要是Zero…一定会救我们的….Ciel与伙伴们一起向Zero沉睡的研究所出发了.
  静止了的旧时代的时间再一次开始缓缓流动了起来.